これは，その都度対処するしかない．たとえば「同じ種類で異なるバージョンのものをインストールしようとしてコケる」問題は，そのportが必要とするportを個別に`make package'する．前の例だと
# cd $PORTSDIR/devel/py-pluggy0 && make package
でpy39-pluggy0-0.13.1.pkgを作っておく．